Macroecología
Instituto de Ecología, A.C. - INECOL
NOTA: Tienen que cargar el “workspace” (archivo .RData) del ejercicio anterior pues este tiene los objetos que usaremos en este ejercicio.
Cargar los siguientes paquetes:
library(terra)
library(maptools)
library(rgeos)
library(sp)
Cargar las variables ambientales
aet <- rast("ejercicios_datos/AET.bil")
npp <- rast("ejercicios_datos/npp2.asc")
#Checar que los rasters estén "proyectados"
crs(npp)
crs(aet)
#Si no estuvieran proyectados, sin tener una referencia geográfica, hay que definir una (la "default", coordenadas geográficas)
crs(aet) <- "epsg:4326"
crs(npp) <- "epsg:4326"
Cortar los rasters de NPP e AET para el extent del raster de América del Sur (creado antes, de 1º de resolución)
aet_amer <- crop(aet,ext(amer_ras))
npp_amer <- crop(npp,ext(amer_ras))
Agregar los valores de NPP y AET en una resolución mayor
aet_amer1 <- aggregate(aet_amer,2)
npp_amer1 <- aggregate(npp_amer,2)
Los valores de AET en los océanos es de 255, tienen que transformar para NA (este paso es sólo para AET, no para NPP)
aet_amer1_vals <- values(aet_amer1)
aet_amer1_vals <- ifelse(aet_amer1_vals==255,NA,aet_amer1_vals)
aet_amer1_nas <- aet_amer1
values(aet_amer1_nas) <- aet_amer1_vals
Obtener las coordenadas del raster de los carnívoros
bats_ras_coords <- xyFromCell(bats_raster, 1:length(values(bats_raster)))
Obtener los valores de AET en los sitios en donde hay carnívoros. Cambiar NAs por 0s
bats_ras_aet <- extract(aet_amer1_nas,bats_ras_coords)
bats_ras_rich <- values(bats_raster)
bats_ras_rich[is.na(bats_ras_rich)] <- 0
bats_ras_aet[is.na(bats_ras_aet)] <- 0
#Enfoque Correlativo: riqueza ~ ambiente Correlación entre riqueza de carnívoros y AET
cor(bats_ras_aet, bats_ras_rich)
cor.test(bats_ras_aet, bats_ras_rich)
#Considerando la autocorrelación espacial
library(SpatialPack)
modified.ttest(bats_ras_aet_nonas, bats_ras_rich_nonas, bats_ras_coords)
Repetir las correlaciones (los pasos anteriores) para los patrones en diferentes escalas que generamos en el ejercicio anterior
¿Cómo se ven? ¿Hay diferencias entre las escalas?