Macroecología
Instituto de Ecología, A.C. - INECOL
A partir de una matriz de presencia-ausencia, que representa información de riqueza y distribución, podemos demostrar la relación intrínseca entre estas dos propiedades fundamentales de la biodiversidad (Arita et al. 2008; 2012). Vamos a demostrarlo!
Generar una matriz “aleatoria”
#¿Cuántas especies (líneas)?
S <- 10
#¿Cuántos sitios (columnas)?
N <- 15
#matriz
m <- matrix(sample(0:1,S*N, replace=TRUE),S,N)
Calcular los parámetros básicos de la matriz de presencia-ausencia
#areas de distribución (ranges)
sumrows <- sum(colSums(m))
#riquezas
sumcols <- sum(rowSums(m))
La doble sumatoria puede ser cualquiera de las sumas anteriores (vean que la suma de todas las columnas o todos los sitios es LA MISMA COSA!)
sumadupla <- sumrows
Obtener el promedio de la riqueza
meanrich <- sumadupla/N
#promedio proporcional
prop.meanrich <- meanrich/S
Obtener el promedio de las distribuciones
meanrange <- sumadupla/S
#promedio proporcional
prop.meanrange <- meanrange/N
¿Qué tal? ¿Los valores son iguales/diferentes?
Ahora con datos reales!!! Usaremos los datos y funciones del paquete letsR (shameless selfpromotion ;) )
Cargar el paquete y obtener los datos
library(letsR)
data("Phyllomedusa")
Generar la matriz de presencia-ausencia
pam.phyllomedusa <- lets.presab(Phyllomedusa, count = T, xmn = -100, xmx = -20, ymn = -80, ymx = 14)
#dar un vistazo a los argumentos de la función...
Graficar el resultado
plot(pam.phyllomedusa)
#tambien da para ver una solamente una especie (e.g. para checar que la distribución esté correcta)
plot(pam.phyllomedusa, name="Phyllomedusa nordestina")
Darle un vistazo a la matriz
pam.phyllomedusa$P[1:5,1:5]
Repetir los pasos generados con la matriz aleatoria para los datos de Phyllomedusa
NOTA Checar el arreglo de la matriz (¿especies en las líneas o en las columnas?), las columnas (¿tienen coordenadas o no?), etc…