Range-Diversity approach


Date
Jan 1, 0001 12:00 AM

Análisis simultáneo de distribución y diversidad (Range-Diversity)

Macroecología

Universidad de Buenos Aires

A partir de una matriz de presencia-ausencia, que representa información de riqueza y distribución, podemos demostrar la relación intrínseca entre estas dos propiedades fundamentales de la biodiversidad (Arita et al. 2008; 2012). Vamos a demostrarlo!

La riqueza promedio proporcional es igual al tamaño de ‘range’ proporcional.

Generar una matriz “aleatoria”

#¿Cuántas especies (líneas)?
S <- 10
#¿Cuántos sitios (columnas)?
N <- 15
#matriz
m <- matrix(sample(0:1,S*N, replace=TRUE),S,N)

Calcular los parámetros básicos de la matriz de presencia-ausencia

#areas de distribución (ranges)
sumrows <- sum(colSums(m))
#riquezas
sumcols <- sum(rowSums(m))

La doble sumatoria puede ser cualquiera de las sumas anteriores (vean que la suma de todas las columnas o todos los sitios es LA MISMA COSA!)

sumadupla <- sumrows

Obtener el promedio de la riqueza

meanrich <- sumadupla/N

#promedio proporcional
prop.meanrich <- meanrich/S

Obtener el promedio de las distribuciones

meanrange <- sumadupla/S

#promedio proporcional
prop.meanrange <- meanrange/N

¿Qué tal? ¿Los valores son iguales/diferentes?

Ahora con datos reales!!! Usaremos los datos y funciones del paquete letsR (shameless selfpromotion ;) )

Cargar el paquete y obtener los datos

library(letsR)

data("Phyllomedusa")

Generar la matriz de presencia-ausencia

pam.phyllomedusa <- lets.presab(Phyllomedusa, count = T, xmn = -100, xmx = -20, ymn = -80, ymx = 14)
#dar un vistazo a los argumentos de la función...

Graficar el resultado

plot(pam.phyllomedusa)

#tambien da para ver una solamente una especie (e.g. para checar que la distribución esté correcta)
plot(pam.phyllomedusa, name="Phyllomedusa nordestina")

Darle un vistazo a la matriz

pam.phyllomedusa$P[1:5,1:5]

Repetir los pasos generados con la matriz aleatoria para los datos de Phyllomedusa

NOTA Checar el arreglo de la matriz (¿especies en las líneas o en las columnas?), las columnas (¿tienen coordenadas o no?), etc…